Hệ thống thủy cung của Bảo tàng Hải dương học do Viện Hải dương học quản lý và vận hành. Hệ thống có diện tích 5000 m2, bao gồm tổ hợp hồ cá biển với hơn 300 loài (rùa biển, cá mập, cá đuối, cá chình, cá mú, san hô sống cùng các loài cá cảnh biển, tôm he, ..) Hum, .. .).
Để phục vụ công tác nghiên cứu, tham quan cũng như giáo dục quần chúng, Viện Hải dương học đã bố trí khu vực mang tên “Tài nguyên biển đảo Hoàng Sa và Trường Sa”.